Emajõe ja lisajõgede luhtadel peatuvad rändel suured lauk- ja rabahanede parved, pardid, kahlajad ja paljud teised veelinnud. Emajõel ja selle äärsetel aladel saame vaadelda kolooniatena pesitsevaid naeru- ja väikekajakaid, toituvaid tuttpütte, lauke ja haigruid, näha erinevaid sukel- ja ujuparte nagu sinikael-parte, sõtkaid, rändeajal ka viuparte; roostikus kuuleme huikamas hüüpi, kalda ääres lendlemas vihitajat, kõrgel lendamas saaki jahtivaid kotkaid ja teisi kullilisi. Luhamaastikel pesitseb kogu Euroopas haruldane rohunepp.
Imetajatest on Emajõe äärsetel aladel elupaigad ameerika naaritsal, saarmal ja kopral. Luhtadel armastavad liikuda ja toituda metskitsed ning põdrad, kohtuda võib mitmete suurkiskjatega nagu hundi, karu ja rebasega; hämarikus lendavad putukaid jahtivad nahkhiired. Kevadeti kuuleb vees kudevate valjuhäälsete rabakonnade koori.
Rohunepp on Eestis II kategooria kaitsealune liik, haruldane luhaniitude lind, kellele Emajõe Alam-Pedja äärsed alad pakuvad rohkesti sobivaid elutingimusi. Rohuneppide mängupaigad ja pesitsusalad asuvad peamiselt üleujutatavatel luhaniitudel ning madalsoodes, kuid ka poldritel. Kevadel aprilli lõpust alates päikeseloojangust kuni päikesetõusuni luhtadel mängivad rohunepi isaslinnud klõbistavad ja visistavad, hüppavad tihti üles, kaitstes nii oma territooriumi rivaalide eest. Pesa ehitamise, munade haudumise ning poegade eest hoolitsemisega tegelevad emaslinnud. Rohunepid toituvad maapinnal pika nokaga rohukamarast vihmausse, mardikaid ja kahetiivaliste vastseid otsides.
Saarmas ja kobras on väga iseloomulikud Emajõe ja selle lisajõgede ääres elavad loomad.
Saarmas on kalatoiduline kiskja, kas püüab jõest kala ja talvel toitub ka vee põhjas talvituvatest rohukonnadest. Tema jäljerida näeb sagell kaldaäärsel mudal, aga ka talvisel jääl, kul läheduses on vaba vett või kalapüüdmiseks sobiv jääauk. Saarmas on Eestis kaitse all. Foto: Ingmar Muusikus
Kobras langetab puid ja ehitab ojadele ning lisajõgedele puudest paisusid, tekitades oma tegevusega Luhtadel ja jõgede vaiksemates käärudes ning vanajõgedes kuuleb kevadeti kudevate rabakonnade üleujutusi. Kobras toitub puidust, eriti meeldivad talle haavad ja pajud. Ta elab kuhilpesades kaldaurgudes, mille suudmest pääseb otse vette — tihti näeb vee ääres tema vette laskumise radasid ja mudasel pinnasel iseloomulikke ujunahkadega jalajälgi. Kopra territooriumi märgistuskohtades on tunda teravat omapärast kopranõre lõhna. Foto: Ingmar Muusikus
Ameerika naarits ehk mink on Eesti loodusesse jõudnud karusloomafarmidest ning väga kohanemisvõimellse võörliigina on ta mõnekümne aastaga tõrjunud elupaigast välja kodumaise euroopa naaritsa. Euroopa naarits on Eestis | kaitsekategooria liik ja üliharuldane. Foto: Ingmar MuusikusLuhtadel ja jõgede vaiksemates käärudes ning vanajõgedes kuuleb kevadeti kudevate rabakonnade mulksuvaid häälitsusi. Foto: Ame Ader
Jõe ääres jäävad silma kiirel lennul saaki jahtivad kiilid — vesineitsikud. Foto: Mati Martin