Sademeterikka kliima ja soodsate äravoolutingimuste tõttu on Eesti jõgede võrk tihe: loendatud on üle 7000 vooluveekogu üldpikkusega 31 000 km (Järvekülg, A. (2001). ,,Eesti jõed“). Emajõgi on neist üks veerikkamaid.
Emajõgi on ligikaudu 100 km pikk, saab alguse Võrtsjärvest ja suubub Peipsi järve. Lähte ja suudme kõrguste vahe on ainult 3,8 m (0,38 cm/km), valgala on 9960 km2. Suurem osa Emajõest kulgeb Võrtsjärve nõos ja Ugandi lavamaal. Vasakult kaldalt tuleb pikkade Pedja ja Põltsamaa lisajõgede kaudu täiendust Pandivere kõrgustikult, Alutaguse madalikult ning Kesk-Eesti lavatasandikult, Laeva ja Amme jõgede kaudu Vooremaalt. Elva ja Porijõgi toovad vett Otepää kõrgustiku põhjaosast, Ahja jõgi selle idaosast. Emajõgi voolab lauskjal maastikul läbi mitmete soode madalate kallaste vahel ja Eesti mõõdupuu järgi on ta suur jõgi. Jõe laius ülemjooksul on 30-40 m, enne Tartut 60-70 m ja alamjooksul kuni 110 m; Suurim sügavus on alamjooksul 11 m. Emajõe väikesest langust tingituna on vool aeglane, kuid vooluhulk on suur, keskmiselt ligi 60 m3/sekundis, mis tähendab, et 60 tonni vett läbib iga sekund jõe ristlõiget. Korrapäraste vooluhulkade mõõtmistega alustati Tartus 1922. aastal, suurim vooluhulk mõõdeti 1926. aastal 26. aprillil, mil see oli 393 m3/sekundis; väikseim vooluhulk — 5 m3/sekundis — mõõdeti 27. novembril 1939. aastal.
Sellel sajandil on suurimad vooluhulgad saadud 2010. aasta 14.—16. aprillil, iga päev ligikaudu 270 m3/sekundis. Suurvee perioodid võivad Emajõel esineda nii kevadel kui ka hilissügisel, keskmise suurvee korral väljub jõgi kallastest lammile. Ülemjooksul on jõelammi ulatus kuni 3 km, alamjooksul 10-12 km. Kevaditi võib Pedja jõe suudme ümbruses olla suuri üleujutusi ning vesi võib isegi liikuda Võrtsjärve poole tagasi. Kuna jõgi saab alguse sogase veega Võrtsjärvest, on ka Emajõe vesi sogane.
Veerikkad lisajõed Pedja ja Põltsamaa jõgi toovad suures koguses oluliselt läbipaistvamat vett Emajõkke ning võtab aega, enne kui allavoolu mõlemad veed segunevad. Võrtsjärve ja Kärevere silla vahel leidub 40 km ulatuses arvukalt vanajõgesid. Suure laiuse ning soiste kallaste tõttu on Emajõel üsna vähe sildu, kokku 11, millest seitse jäävad Tartu piiridesse. Maanteesillad üle jõe on Rannu-Jõesuus, Käreveres ja Luunjas, raudtee läheb üle Emajõe Jänese silla kaudu. Kavastu külas töötab seni Eesti viimane reisijaid ning sõidukeid üle jõe viiv parv. Jõeäärsetest asulatest on suurim Tartu linn.
EMAJÕE VEETASE
Emajõe ja Pedja jõe ühinemiskohas on näha vee erinev värv: Võrtsjärvest pärit heledam ja sogane ning vasakul Pedja ja Põltsamaa jõest pärit tumedam vesi. Foto: Henn Timm 
Suurvesi Emajõel Tartu linnas 2010. aastal.
Foto: Ove Maidla
Kavastu külas töötab seni Eesti viimane reisijaid ning sõidukeid üle jõe viiv parv. Foto: Henn Timm 
Emajõgi madalveeperioodil Kastres.
Foto: Henn Timm
Üleujutused Emajõel
Olulise üleujutusohuga riskipiirkond on Tartu linn. Tartus alustati regulaarseid veetasemete mõõtmisi juba 1867. aasta kevadel Kivisilla mõõtelatilt, mille nullkõrgus on 29,77 m (EH2009). Alates 1. jaanuarist 2018 loobuti Eestis kõrgussüsteemist, mis arvestas Kroonlinna nulli, selle asemel arvestatakse nüüd sarnaselt teiste Euroopa riikidega absoluutset kõrgust ja sügavust Euroopa kõrgussüsteemi ehk Amsterdami nulli suhtes. Seni kõige kõrgem veetase mõõdetigi 6. mail 1867. aastal, mis oli 373 cm. Madalaim tase oli -52 cm 27. novembril 1939. aastal. Veetasemel 239 cm, mida loetakse kriitiliseks, väljub Emajõgi madalamates kohtades kallastest ja hakkab ohustama Ihaste linnaosa, veetasemel 289 cm ohustab jõgi juba madalamaid linnaosasid nii ülal kui ka allpool kesklinna. Käesoleval sajandil on kõrgeimad veetasemed olnud 331 cm 2010. aastal ja 315 cm 2011. aastal. 2010. aastal tungis vesi Supilinna ja Vana-Ihaste elurajooni, piiras sisse Tartu vangla, ulatudes vangla piirdeaia taha. Tartu linnas olid suletud üleujutuse tõttu mitmed tänavad ja ühendustee Ihastega. Sellel sajandil on Emajõe vesi tõusnud üle kriitilise taseme veel aastatel 2002 (263 cm), 2005 (290 cm) ja 2013 (262 cm), madal veetase olnud aastatel 2002, 2006 ja 2015.
Jõgede eripära
Jõed on veekogud, kus vesi liigub pidevalt ühes suunas vee poolt uuristatud sängis. Jõgedes voolav vesi jaguneb päritolult põhjaveeks ja pinnaveeks, millest viimane on kas vihma või lumesulavesi ning sisaldab mitmesuguseid lahustunud ja lahustumata aineid. Põhjavesi on pärit sügavamatest maa-alustest veekihtidest, sisaldades mitmesuguseid mineraalaineid. Jõevette jõuab ka palju vees lahustumatut materjali nagu puulehti, oksi, vilju, rohtu, mulda, mille vool endaga kaasa kannab. Suurvee ajal väljub jõgi oma tavapärasest sängist ja ujutab jõe kaldad üle, võttes kaasa lahtised osad ja setitades mujalt toodud pori ja liiva. Jõgede puhul tuleb silmas pidada, et vesi küll voolab, kuid erinevalt järvedest n-ö seisavad jõe elupaigad sama koha peal. Jõed erinevad järvedest veel selle poolest, et nad ei vanane ehk nende troofsusaste ajas ei suurene; ka ei toimu jõgedes sellist toitainete (P ja N) kogunemist ehk akumuleerumist nagu järvedes, vaid kaasas kantavad toitained jõuavad lõpuks järvedesse ja mere.
