Emajõgi, tema lisajõed ja eriilmelised kaldaalad moodustavad mitmekesise elupaikade mosaiigi, milles on eriline koht märgaladel — lammiluhtadel, mida jõevesi perioodiliselt üle ujutab, vanajõgedel, roostikel, madal- ja siirdesoodel ning rabadel. Ulatuslikud ja mitmekesised märgalakompleksid saadavad Emajõge nii tema ülem-, kesk- kui ka alamjooksul.
Neil vesistel paikadel on suur väärtus elurikkuse, looduse tasakaalu ning inimeste heaolu säilitamisel, nende hoidmiseks loodud Alam-Pedja, Kärevere, Ropka-Ihaste ja Peipsiveere looduskaitsealadel on oluline koht Euroopa ja kogu maailma kaitsealade võrgustikus.
Alam-Pedja looduskaitseala
Emajõe lähtel asuv Alam-Pedja looduskaitseala pindalaga 34 220 ha loodi looduskaitsja Einar Tammuri ettepanekul ja Eestimaa Looduse Fondi eestvõttel 1994. aastal.
Alale annavad näo jõed oma rohkete loogete ning suurte üleujutusaladega ning Emajõe soodid ehk vanajõed. Pedja ja Põltsamaa jõe alamjooks ning väiksemad jõed nagu Umbusi, Pikknurme, Laeva, Elva, Kavilda ja Ilmatsalu moodustavad ühtse loodusliku veesüsteemi, mille teljeks on Emajõgi. Jõgede veerežiim sõltub põhiliselt Võrtsjärve ja Emajõe veetasemest. Tohutult alalt vett koguvad jõed tulvavad tasasel madalikul suurveega üle kallaste, siis võib tulvavesi katta enam kui 9000 ha. Emajõge palistavad laiad tarnaluhad madala kase põõsastikuga on väärtuslikud elupaigad. Kuigi Pedja ja Põltsamaa luhad on kitsamad, leidub siin kohati selliseid lamminiitude kooslusi, mis mujal Eestis on väga harvad. Jõgede kaldavallidel kasvab väga haruldasi liigirikkaid lammimetsi.
Jõed eraldavad erinäolisi soid — Põltsamaa, Umbusi, Meleski ning Sangla raba ja vaheldusrikast Laeva sood.
Siin on madal- ja siirdesoovõserikke ning tuhandeid rabalaukaid. Soomaastikku ilmestavad põlismetsaga soosaared ning kitsad palu- ja nõmmemännikutega peenrad. Alam-Pedja metsad on peamiselt madal- ja siirdesookaasikud ning lodu-lehtmetsad. Soostunud ja metsaga kaetud kaitseala toimib jõgede äravoolu ja veerežiimi loodusliku regulaatorina, ühtlustades koos Võrtsjärvega Emajõe äravoolu.
Alam-Pedja elustik on väga rikas — ruumi on karudele, ilvestele ja huntidele, ohtralt vett jagub kobrastele ja saarmatele. Vaadeldud 196 linnuliigist on haudelinde 153: soised metsad ja lagedad luhad on tähtsad merikotka, väike-konnakotka, valgeselg-kirjurähni ning rukkiräägu elupaigad; soodes elutsevad väikekoovitajad, mudatildrid ja rüüdad; rabaavarusi valitsevad kaljukotkad, sageli näeb kalakotkast. Alam-Pedja on rohunepi esindusala Baltimaades. Kevaditi peatuvad Emajõe veeväljadel tuhanded linnud – ujupardid, vardid, sõtkad, aga ka laulu- ja väikeluiged, väikekosklad, lõopistrikud ning tutkad. Siit leiab ohustatud kala- ja kiililiike ning 485 taimeliiki, millest 32 —näiteks virgiinia võtmehein, kollane kivirik, soohiilakas, turvastarn ja rabaluga — on kaitsealused.
Alam-Pedja on Natura 2000 võrgustiku linnu ja loodusala ning rahvusvahelise tähtsusega märgala (Ramsari ala).
Ropka-Ihaste looduskaitseala
Emajõe keskjooksul asuv Ropka-lhaste looduskaitseala pindalaga 790,6 ha jääb osaliselt Tartu linna territooriumile. Erinevate huvide põrkumise tõttu kulus kaitseala loomiseks paarkümmend aastat — ettepanek võtta Ihaste ja Ropka luht kaitse alla tehti 1995. aastal, looduskaitseala kinnitati 2014. aastal.
Emajõgi ise siin kaitse all ei ole, küll on Emajõe veetaseme otsese mõju all ja selle poolt kujundatud kogu kaitseala, kuhu jäävad Emajõe soodid ja järvikud ning üleujutatavad luhad.
Ropka-lhaste looduskaitseala on üsna eriline paik oma mitmekesiste inimmõjude poolest. Ala lõunaossa jääb 1983. aastal rajatud Aardla polder roostikust piiratud Aardla järvega. Kui ala kuivendamiseks pumpamine lakkas, hakkas poldriala uuesti soostuma ja võsastuma ning kujunesid head tingimused mitmekesise linnustiku taastekkeks.
Alale jääb ka kasutuses olev Aardlapalu liivakarjäär, mille kaevandusala on veega täitunud. Kaitseala kaht lahustükki, Ihaste ja Ropka luhta, lahutab Tartu idaringtee 2015. aastal valminud Ihaste sillaga, mille rajamise käigus tegid ehitajad looduskaitsjatega tihedat koostööd ehituskoormuse mõju vähendamiseks mõlemal pool teed asuvatele kaitstavatele elupaikadele. Kaitseala piiri taha jäävad Tartu ja Ülenurme majad, kuivemal ajal on kõik teed ning rajad aktiivses kasutuses.
Ometi on Ropka-Ihaste üks Eesti linnurikkaimaid paiku ning üks tähtsamaid veelindude rändepeatuspaiku ja pesitsusalasid Ida-Eestis. Siin on registreeritud 222 linnuliigi esinemine.
Pesategijate seas on täpik- ja väikehuik, rohunepp, roolinnud, rootsiitsitaja ning hüüp, pütid, pardid ja vardid, tikutaja, vihitaja ja kiivitaja. Siin on rukkiräägu ühed paremad pesitsusalad Eestis. Rändel peatuvad Ropka-Ihaste luhal raba- ja suur-laukhaned, tutkad, mudatildrid, pardid ja väikeluiged. Tegu on ka Eesti ühe olulisema hanede rändepeatuspaigaga. Linnuaastad võivad olla üsna erinevad ning nii pesitsevate kui karändel peatuvate lindude arvukuse, liigilise koosseisu ja paiknemise kaitsealal määrab suuresti kevadise üleujutuse ulatus ning kestus.
Kaitsealustest taimeliikidest leidub siin pehmet koeratubakat, mis kasvabki üksnes Tartu linnas ja selle lähikonnas. Hästi läheb kaunil siberi võhumõõgal, hajusalt kasvab lamminiidul künnapuid.
Mureks on niitude võsastumine: luhaalade niitmine on oluline nii linnustikule kui ka kahepaiksetele, eriti raba- ja rohukonnale elupaiga ja kudemisalade säilimiseks.
Ihaste looduskaitseala on Natura 2000 võrgustiku linnu- ja loodusala.
Kevadine Ihaste luht.
Foto: Kaili ViilmaSiberi võhumõök on kaitsealune liik Ihaste luhal.
Foto: Arne Ader
Peipsiveere looduskaitseala
Emajõe suudmealal laiub Eesti suurim, 34 610 ha laiuv looduskaitseala — Peipsiveere. 1981. Aastal loodi Emajõe Suursoo sookaitseala, nüüdne kaitseala sai lõplikud piirid 2013. aastal ja hõlmab ka Piirissaart ja osa Peipsi järvest.
Peipsi vete pealetungi mõjul on Emajõe suue ja Peipsi rannaalad soostunud ning pideva veetaseme tõusu tõttu on siin kuhjunud erandlikult paks (keskmiselt 3 m, kohati üle 6 m) madalsooturba lasund.
Kogu tohutut deltasoostikku, kus turvas katab enam kui 20 000 ha, tuntakse Emajõe Suursoona, kuid Emajõe ja tema Ahja, Kargaja ja Peravalla lisajõgede ning Koosa ja Kalli harujõgede vetest lahutatud soo-osadel on ka toredad kohalikud nimed: näiteks Kargaja soo, Saksasoo, Sumusoo, Vadsakoti, Peräjärve ning Singa soo.
Veeolude rütmi looduskaitsealal määrab suuresti Peipsi järve ja Emajõe veeseis. Et soopind on suures osas vaid meeter või paar kõrgem Peipsi keskmisest veetasemest, ujutab kerkinud järvevesi soostiku keskosa üle. Suurveeaegsed veeväljad katavad umbes 7000 ha, eriti suurte tulvade ajal, mil veest jäävad välja vaid kõrgemad soosaared ja Meerapalo raba, kuni 18 000 ha.
Suur osa Suursoost on mätlik ja väga märg madalsoo. Kunagi tehti siin heina, nüüd tungib jõudsalt peale kase- ja pajuvõsa. Valitsevad tarnad, kohati on ohtralt pilliroogu, soopihla ning ubalehte. Varnja soos, Jõmmsoos ja Pedaspää soos levib siirdesoo, kus turbasamblamätastel roomavad jõhvikavarred Emajõe Suursoo jõhvikavarud on Eesti suurimad. Rabastaadiumisse on jõudnud ainult Meerapalo soo soostiku kagunurgas. Pedaspää soos ning Jõmmsoos kõrguvad kunagise liustiku ja selle sulamisvete jäetud ning Suur-Peipsi vete kujundatud kaarjad liivavallid saartena üle soolageda. Soomustri muudavad kirevamaks umbes 80 soosaart ja kaheksa järve.
Ka metsik ja mitmekesine Emajõe Suursoo on väga oluline vee- ja soolindude pesitsus- ning peatusala, kus on kohatud vähemalt 176 linnuliiki, kellest 141 siin pesitsevad. See on oluline pesitsusala väikekajakale, hüübile, merikotkale, roo- ja soo-loorkullile, kala- ja kaljukotkale, väikepistrikule, tedrele, väikehuigale ja rohunepile ning rändeaegne peatuspaik väikeluikedele, väikekosklatele ja väikekajakale. Madalad roostikurikkad järved, eriti Koosa järv, meeldivad mustviirele ja kajakatele.
Märgala on piiritu tegevusväli koprale ja saarmale.
Peipsiveere looduskaitsealal on teada üle 20 kaitsealuse taimeliigi, siin on sinise emajuure, juurduva kõrkja ning kiirja ruskme peamised kasvukohad Eestis.
Inimesed elasid Emajõe suudmealal juba nooremal kiviajal, hiljem rajasid kodu ka kuivematele soosaartele, mida ühendasid üle soo kulgevad teed. Kunagi tehti Suursoos heina, nüüd on kaitseala peaaegu inimtühi.
Peipsiveere on Natura 2000 võrgustiku linnu- ja loodusala ning rahvusvahelise tähtsusega märgala.
Emajõe Suursoo on otsatu soode ja vete mosaiik.
Foto: Jan SiimsonJõhvikalised siirdesoos.
Foto: Jan SiimsonJõed voolavad Peipsiveerel madalate soiste kallaste vahel. Foto: Kaili Viilma Jõhvikad, Suursoo rikkus.
Foto: Kaili ViilmaKõverike kaskedega siirdesoo on Peipsiveerele väga iseloomulik. Foto: Kaili Viilma Peipsiveere on looduse päralt.
Foto: Jan Siimson